Цель настоящего курса – показать, каким образом современные методы молекулярного моделирования могут быть использованы при разработке новых лекарств. Показать какую роль играют квантовая механика и методы квантовой химии, молекулярная механика и методы молекулярной динамики в конструировании ингибиторов для заданных белков-мишеней. В лекциях предполагается дать представление о важнейших шагах подготовки белков-мишеней, конструировании молекул-лигандов, их докинге в активные центры белков-мишеней и стратегиях виртуального скрининга больших баз молекулярных структур. Основы учета влияния растворителя при докинге.

1. Роль молекулярного моделирования при разработке новых лекарств.
2. Компьютерные разработки новых ингибиторов. Пример успешной разработки.
3. Молекулы, молекулярные группы, белки и их активные центры.
4. Методы квантовой химии I.
5. Методы квантовой химии II.
6. Методы квантовой химии III.
7. Типы связей между атомами и молекулами.
8. Силовые поля, докинг, скоринг.
9. Докинг с ограничениями и разработка синтетических вакцин. Методы молекулярной динамики.
10. Методы молекулярной динамики. Метод Монте Карло. Континуальная модель растворителя.

Составитель: д.ф.-м.н. Сулимов В.Б.